使用Perl从UniProt中下载蛋白质序列

2015-12-14 0 998
使用Perl从UniProt中下载蛋白质序列
use strict;
use warnings;
use LWP::Simple qw(get);

my $seq = downloadUniprot("P31749");
print $seq;

sub downloadUniprot {
	my $ac = shift;
	my $url = "http://www.uniprot.org/uniprot/".$ac.".fasta";
	my $content = get($url);
	die "Couldn't get '$ac'!" unless defined $content;
	my @line = split/\R/, $content;
	shift @line;
	my $seq = "";
	map {$seq .= $_} @line;
	return $seq;
}

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